Funcionários de uma empresa de coleta de lixo encontraram parte de um corpo dentro de um dos sacos que estavam no caminhão, por volta de 0h15 do dia seguinte ao do crime.
Com os trabalhos de busca na caçamba do caminhão, outras partes parcialmente carbonizadas, misturadas a outros objetos, foram encontradas. Por volta da 2h do dia 6, a Polícia Civil e a Guarda Civil foram até a casa das possíveis vítimas, mas ninguém atendeu.
Ao perceberem uma das portas abertas e o vulto de uma mulher, os policiais entraram na casa. Questionada pela polícia sobre onde estavam os meninos, a madrasta disse que eles não haviam voltado do colégio. Nos cômodos da casa, os policiais encontraram manchas de sangue e de queimado, além de um forte cheiro de água sanitária.
Segundo a polícia, Eliana disse na delegacia que seu marido havia asfixiado os filhos com sacos plásticos e ateado fogo nos corpos. Ela contou aos policiais que auxiliou o marido a cortar os corpos com uma foice. Ela teria dito também ter colocado as partes em sacos de lixo, que foram distribuídos pelas ruas do bairro.
João Alexandre foi preso no local onde trabalhava. A polícia fez o pedido de prisão preventiva para os dois. Em seguida, foi solicitada perícia para a casa onde viviam.
De acordo com informações do Conselho Estadual de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana (Condepe) divulgadas na época do crime, o histórico do pai e da madrasta dos meninos era de rejeição e abandono. Foram registrados dois boletins de ocorrência, um em 2005, de abandono, e outro em 2007, de desaparecimento e localização das vítimas.
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