Ativistas dizem que as forças de segurança teriam matado pelo menos seis pessoas durante à ação na mesquita.
De acordo com testemunhas, soldados escoltados por tanques tomaram a mesquita Omari e teriam posicionado atiradores no telhado do edifício.
Na última sexta-feira, cerca de 60 pessoas foram mortas a tiros durante manifestações anti-governo pelo mais. Pelo menos metade dos atingidos estavam em Deraa, o principal palco dos protestos.
Oficiais do governo dizem que o número de mortos é muito menor, e incluiria quatro soldados.
O governo sírio pediu que as famílias fizessem funerais pequenos, para que não se criassem mais tumultos.
A televisão estatal síria disse que as forces de segurança foram atacadas por "terroristas armados" em Deraa e Homs, a terceira maior cidade do país.
Investigação
Jornalistas estrangeiros estão proibidos de entrar no país, e a situação exata dos conflitos permanece desconhecida.
Neste sábado, testemunhas dizem ter visto reforços militares chegando a Deraa, incluindo tanques e cargueiros com soldados armados.
Um morador disse à BBC que havia soldados próximos à mesquita Omari, edifício histórico da cidade. Segundo o morador, era possível ver corpos na rua.
Os confrontos entre manifestantes anti-governo e forças se segurança na síria continuam mesmo após que o Conselho de Direitos Humanos da ONU aprovou uma resolução que condena a violência e instaura uma investigação sobre abusos no país.
Na reunião, que aconteceu na última sexta-feira, ficou determinado que o conselho pedirá ao Alto Comissariado de Direitos Humanos da ONU o envio, "com urgência", de uma missão à Síria para apurar as supostas violações, que podem configurar crime contra a humanidade.
Na última sexta-feira, o governo americano também anunciou a aprovação de novas sanções ao governo sírio por causa da violência contra os ativistas.
Na manhã desde sábado, o secretário de Relações Exteriores britânico William Hague comemorou a resolução da ONU e disse estar "extremamente preocupado com a violência e a repressão na Síria".
O governo sírio falhou repetidamente em atender os pedidos de contenção da comunidade internacional. É vital responder com reformas, e não repressão."
Cerco militar
O correspondente da BBC em Beirute, Jim Muir, disse que páginas de internet que apóiam o levante na Síria disseram que as mortes só aumentarão a vontade dos manifestantes de completar a missão dos que caíram.
Nos sites, os ativistas pedem uma "semana de quebra do cerco" - em referência à situação de Deraa, que está cercada desde segunda-feira por tropas e tanques e sofre com a falta d""água, energia e serviços de telecomunicação.
Para isso, planejam protestos em diferentes partes do país todos os dias, culminando em um protesto nacional no fim da próxima semana.
Na internet, os manifestantes disseram que é difícil saber o que está acontecendo exatamente em Deraa, porque não é permitido que os residentes vão para longe de suas casas.
Relatos não confirmados dizem que alguns soldados desertaram e estavam se refugiando com os locais, depois de se recusarem a disparar contra manifestantes em Deraa.
Também neste sábado, 138 membros do partido Baath, do presidente Bashar al-Assad renunciaram na região de Hawran, na região sul, onde fica Deraa. Eles abriram mão de seus cargos em protestos contra a ação militar na cidade.
Dias antes, outros 200 membros do partido no governo de Deraa renunciaram.
No entanto, manifestações em apoio ao presidente Bashar al-Assad também aconteceram em Damasco, neste sábado. Há dez dias, Assad assinou a revogação do estado de emergência que vigorava no país há 48 anos.
De acordo com o Observatório Sírio dos Direitos Humanos, sediado na Grã-Bretanha, pelo menos 539 pessoas foram mortas desde o início dos protestos contra o governo de Assad, em 15 de março.
O governo culpa extremistas pelo conflito, e diz que quase 80 oficiais das forças de segurança foram mortos.
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