No recurso, Maggi havia alegado que não poderia ser atribuída a ele a responsabilidade pelas autorizações concedidas no estado, sendo que a atividade tem a supervisão do secretário estadual de Meio Ambiente. Ele destacou ainda que em 2007, quando foi dado início a apuração, houve a prorrogação do período proibitivo das queimadas, como está previsto na Lei Complementar Estadual 233/2005. Primeiro, se estendeu até 14 de setembro e depois até 15 de outubro daquele ano.
O MPF considerou que o nome do senador foi citado apenas de forma genérica no relatório policial, onde diz que "restou evidente que o Poder Executivo Estadual, exercido pelo governador com o auxílio de seus secretários, não tomou as devidas cautelas com os impactos ambientais que viriam a ocorrer da liberação das queimadas".
Porém, o parecer da subprocuradora-geral da República, Cláudia Sampaio Marques, e do procurador-geral da República, Roberto Monteiro Gurgel Santos, diz que ao contrário do relatório policial os documentos que instruem o processo demonstra que o então governador não determinou a liberação e que somente prorrogou o prazo proibitivo das queimadas.
"Os autos estão desprovidos de subsídios ou indícios que possam justificar a continuidade da investigação criminal contra o parlamentar", pontuou a subprocuradora e o procurador-geral, ao entender, entretanto, que o caso deve continuar a ser investigado por não restar dúvida de que há elementos concretos quanto à prática de crimes ambientais por outros envolvidos que não possuem foro por prerrogativa de função junto ao STF.
Desse modo, o MPF requisitou que o processo fosse enviado à 1ª Vara Federal da Seção Judiciária de Mato Grosso. A manifestação do MPF foi acolhida pelo ministro do STF, que extingiu o inquérito contra Maggi e determinou que sejam apuradas suspeita de responsabilidade dos demais investigados.
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